2020年6月28日現在の情報です
結論
先に結論を書きます。陽性患者である感染者（自宅療養者）が避難所に来ることは、ほぼありません（100％ではないですが）。濃厚接触者については、市町村によって異なりますが、一般避難所での受け入れる場合、専用避難所や宿泊施設にて受け入れる場合と自治体により様々です。
内閣府 新型コロナウイルス感染症対策に配慮した避難所開設・運営訓練ガイドラインについて
令和２年６月１８日付で内閣府から各都道府県当てに、「新型コロナウイルス感染症対策に配慮した避難所開設・運営訓練ガイドラインについて」が通知されており、この中で陽性患者や濃厚接触者の避難所での受け入れについて言及されています。
都道府県及び市町村については、基本的にはこのガイドラインをベースに避難所運営を検討する事になると思うので、要点をご紹介します。
各個人について可能な限り個室にすることが望ましいが、難しい場合でも、パーティションで区切るなどの工夫をして、それぞれ専用のスペースを確保する。
文章が長い、そしてわかりにくい・・・。要するに以下の通りです。
陽性患者は、基本的に宿泊型療養施設で受け入れ（避難所に来ない）
濃厚接触者は、一般の避難所で受け入れ（隔離スペースをつくって受け入れ）
内閣府のガイドラインでは濃厚接触者は、避難所受け入れが既定路線のように記載されていますが、この部分については、別の通知で異なる考え方も通知されているので注意が必要です。内閣府から自治体への通知の中で言及されているようなので紹介します。
ここもわかりにくい・・・。要するに以下の通りです。
地域の実情に応じて、濃厚接触者専用の避難所を配置する。（この考え方を、基本としなかったのは、感染者が拡大した場合、絶対に達成できない基準となってしまう事を想定してのことだと思われる。内閣府の本音としては、余力のある自治体は、取り組んでねといったところか？？？）
各市町村の濃厚接触者と陽性患者に対する考え方
内閣府の方針を受けて、一部の市町村では感染症対策を前提とした避難所運営マニュアルの作成が進んでいます。その中で、陽性患者と濃厚接触者の扱いが一定整理されているので、ご紹介します。
大阪府 堺市
宮城県仙台市
濃厚接触者は、堺市は基本的には来ない。仙台市は来る可能性がある。
※マニュアル上では、確認できませんでしたが熊本市は濃厚接触者用の専用避難所（保健避難所）を設けるとのこと。
私たちのできること（コロナ渦での避難行動について）
当然ですが避難所は、不特定多数の人が生活する環境になります。避難行動の基本的には、在宅避難や親類宅にするべきであると考えます。自宅付近が、急傾斜地や浸水想定区域に該当する場合は、公共の避難所の利用も視野に入れて、衛生材料（マスクや消毒液）を持参の上、避難所に避難しましょう。
補足メモ：保健所設置市と非設置市で避難所運営に差異はでるのか？
少しややこしいのですが、避難所の運営は、市町村です。一方で、コロナの陽性者や濃厚接触者（陽性者等）の把握をしているのは保健所です。地域保健法に基づき政令市や中核市は、保健所を設置することとなっています。
要するに政令市と中核市は、避難所の運営主体と陽性者等の把握主体が一致していますが、それ未満の市町村は、基本的には陽性者等のリストを保健所から提供してもらわなければ、把握できないと考えられます。
組織を跨いでの、個人情報のやり取りがどこまで許容されるのか？中核市未満の人口規模の自治体では、自宅療養者と濃厚接触者の情報共有に課題があると思われます。
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